网站已成为黑客攻击的主要目标，黑客近年来往往从网站的脚本漏洞入手获取网站控制权，进行挂马，挂黑链等谋取利益，甚至可以通过网站缺陷进一步提权控制整个服务器。有效地防范成为亟待解决的问题，那么网站入侵原理是什么呢?
一、获取口令
这种方式有三种方法：一是缺省的登录界面(ShellScripts)攻击法。在被攻击主机上启动一个可执行程序，该程序显示一个伪造的登录界面。当用户在这个伪装的界面上键入登录信息(用户名、密码等)后，程序将用户输入的信息传送到攻击者主机，然后关闭界面给出提示信息“系统故障”，要求用户重新登录。此后，才会出现真正的登录界面。二是通过网络监听非法得到用户口令，这类方法有一定的局限性，但危害性极大，监听者往往能够获得其所在网段的所有用户账号和口令，对局域网安全威胁巨大;三是在知道用户的账号后(如电子邮件“@”前面的部分)利用一些专门软件强行破解用户口令，这种方法不受网段限制，但黑客要有足够的耐心和时间;尤其对那些口令安全系数极低的用户，只要短短的一两分钟，甚至几十秒内就可以将其破解。
二、电子邮件攻击
这种方式一般是采用电子邮件炸弹(E-mailBomb)，是黑客常用的一种攻击手段。指的是用伪造的IP地址和电子邮件地址向同一信箱发送数以千计、万计甚至无穷多次的内容相同的恶意邮件，也可称之为大容量的垃圾邮件。由于每个人的邮件信箱是有限的，当庞大的邮件垃圾到达信箱的时候，就会挤满信箱，把正常的邮件给冲掉。同时，因为它占用了大量的网络资源，常常导致网络塞车，使用户不能正常地工作，严重者可能会给电子邮件服务器操作系统带来危险，甚至瘫痪。
三、特洛伊木马攻击
“特洛伊木马程序”技术是黑客常用的攻击手段。它通过在你的电脑系统隐藏一个会在Windows启动时运行的程序，采用服务器/客户机的运行方式，从而达到在上网时控制你电脑的目的。黑客利用它窃取你的口令、浏览你的驱动器、修改你的文件、登录注册表等等，如流传极广的冰河木马，现在流行的很多病毒也都带有黑客性质，如影响面极广的“Nimda”、“求职信”和“红色代码”及“红色代码II”等。攻击者可以佯称自己为系统管理员(邮件地址和系统管理员完全相同)，将这些东西通过电子邮件的方式发送给你。如某些单位的网络管理员会定期给用户免费发送防火墙升级程序，这些程序多为可执行程序，这就为黑客提供了可乘之机，很多用户稍不注意就可能在不知不觉中遗失重要信息。
四、诱入法
黑客编写一些看起来“合法”的程序，上传到一些FTP站点或是提供给某些个人主页，诱导用户下载。当一个用户下载软件时，黑客的软件一起下载到用户的机器上。该软件会跟踪用户的电脑操作，它静静地记录着用户输入的每个口令，然后把它们发送给黑客指定的Internet信箱。例如，有人发送给用户电子邮件，声称为“确定我们的用户需要”而进行调查。作为对填写表格的回报，允许用户免费使用多少小时。但是，该程序实际上却是搜集用户的口令，并把它们发送给某个远方的“黑客”。
五、寻找系统漏洞
许多系统都有这样那样的安全漏洞(Bugs)，其中某些是操作系统或应用软件本身具有的，如Sendmail漏洞，Windows98中的共享目录密码验证漏洞和IE5漏洞等，这些漏洞在补丁未被开发出来之前一般很难防御黑客的破坏，除非你不上网。还有就是有些程序员设计一些功能复杂的程序时，一般采用模块化的程序设计思想，将整个项目分割为多个功能模块，分别进行设计、调试，这时的后门就是一个模块的秘密入口。在程序开发阶段，后门便于测试、更改和增强模块功能。正常情况下，完成设计之后需要去掉各个模块的后门，不过有时由于疏忽或者其他原因(如将其留在程序中，便于日后访问、测试或维护)后门没有去掉，一些别有用心的人会利用专门的扫描工具发现并利用这些后门，然后进入系统并发动攻击。